重点产业园区建设是北部湾经济区发展新的突破口，是作为当前和今后一段时期北部湾经济区开放开发工作的重点。《北部湾经济区重点产业园区布局规划》已经自治区政府专题会审议通过。目前，纳入规划的重点产业园区有29个，其中自治区重点支持的11个，各市重点推进的18个。这29个重点产业园区到2012年预计可实现总产值5906亿元，到2015年预计可实现总产值1.11万亿元。
自治区重点支持的11个重点产业园区，南宁、北海、钦州、防城港市每市两个，玉林、崇左市每市1个和自治区直管的钦州保税港区。作为自治区统筹推进的重点，集合各方面的力量抓好，以最快的速度把园区的基础设施配套完善，吸引更多的企业落户园区，迅速壮大产业。自治区重点支持的这些园区有：南宁—东盟经济开发区（含台湾（南宁）轻纺产业园）、南宁六景工业园区、北海电子产业园、北海铁山港工业区、防城港企沙工业区、防城港大西南临港工业园、广西钦州保税港区、钦州石化产业区（含台湾（钦州）石化产业园）、钦州港综合物流加工区（含湖南（钦州）临港产业园）、玉林龙潭产业园、广西凭祥综合保税区。
纳入规划的其他18个园区由经济区各市组织力量规划、建设，加快完善基础设施，引进产业项目，形成产业规模。此外，北部湾经济区还将抓好重大产业项目建设和产业链延伸。